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二代測序降低實驗成本方案

 更新時間:2022-03-15 點擊量:1012

隨著成本穩步下降,二代測序 NGS變逐漸增多,但如果經常使用,它仍然是一種成本昂貴的工具。其實在實驗室中,掌控好以下幾個環節也是可以節省 NGS 的總體成本的。這里提供一些關于降低二代測序 -NGS成本的方法可供參考。

1. 樣品質量控制

樣本的質量直接關乎到二代測成本,質量較差的樣本,會間接增加測序步驟和處理時間。所以,降低成本的簡單方法之一是從樣品提取開始,通過部署于樣品類型和目標核酸的樣品純化方法,確保用于下游分析的核酸純度和產量。NGS文庫制備過程中發生的酶促反應對所用樣品的數量和質量敏感。因此,量化樣本(通過 qPCR、熒光定量核酸電泳等方法量化樣本是一個重要步驟,尤其是對于具有挑戰性的樣本,例如固定組織、污染或低豐度樣本。

2. 選擇正確的文庫制備方法

羅氏認為,為預期的下游測序應用選擇正確的文庫制備方法也是降低 二代測序NGS 成本的主要措施。例如,如果測序目的只是篩選變異基因,那么需要選擇對目標基因組編碼區域進行富集和測序,需要測序樣本總量也較少,從而允許每個用于測序運行的流動槽獲得樣品,這樣可以提升生成的數據質量由此節約總體成本。 通過反復試驗發現這種策略比全基因組測序成本低,因為全基因組測序需要對每個樣本進行復雜的測序。另外文庫制備工具包可以幫助您降低成本。選擇一種快速、可靠的文庫制備方法來制備類似樣品類型將減少手動操作時間以及重復失敗樣品的需要,如果采用了合適的方法,就可以出人員和實驗室設備來執行其它復雜的 NGS 。在這個過程中可以使用一些試劑盒以到 PCR 版本無需文庫擴增,這樣可以節省多時間。

3. NGS樣本 QC,文庫 QC 和文庫池

樣本 QC,文庫 QC 和文庫池是額外的重要措施,如果實施得當,可以幫助降低 NGS 成本。但是,樣本庫的不正確匯集可能會產生每個樣本的序列讀取覆蓋率可變(不平衡)的測序運行,需要在分析過程中對讀取進行生物信息下采樣并浪費測序讀取,因此,QC 措施有助于確保您對質量較高的文庫進行測序,從而降低 NGS 成本。降低二代測序 -NGS成本的方法上面提到的使用 qPCR、熒光法或電泳方法對NGS 文庫進行量化是匯集和測序之前的關鍵步驟,在這一步準確控制文庫的數量將對測序覆蓋深度、樣品均勻性和流動池聚類產生積極影響。

二代測序

4. 了解測序質量指標

通過了解測序質量和數據分析的指標來優化您的 NGS 工作流程,這有助于提高數據質量。糟糕的測序質量指標將減少測序運行的整體可用數據,這意味著需要額外進行成本昂貴測序,所以,了解數據分析指標有助于研究人員確定實驗試劑和工作流程,以生成高質量的數據來回饋實驗。

5. 不要過度排序或排序不足

從每次測序讀取中獲取盡可能多的信息還可以通過避免對您的文庫進行過度或不足測序來降低成本。過度測序會導致明顯的不必要的浪費。

6.使用多路復用和自動化

盡可能多路復用 NGS 樣本是也是節約二代測序NGS的方法之一。這可能需要對索引方案進行一些協調,使用自動化測序的實驗室設備有助于消減人工成本及人為錯誤,雖然購買和優化這樣一個系統的前期成本較高,但如果可以容忍費用,那么隨著時間的推移,節省的時間、增加的可重復性將抵消初始成本。

7.定期評估工作流程、實驗試劑和NGS技術

定期重新評估工作流程、試劑和技術可以節省時間和金錢。您的實驗室的樣品通量可能會隨著時間的推移而增加,一些新型的文庫定量試劑盒可提升 NGS 文庫制備效率。比如:tiangen系列的TIANSeq 文庫定量試劑盒,適用于illumina平臺NR102-TIANSeq快速 RNA文庫構建試劑盒等。

蘇州阿爾法生物十三年專注于生物實驗室設備及實驗室耗材供應,PCRNGS相關產品包括PCR儀器、快速PCR儀、熒光定量PCR、NGS試劑盒、質粒小提試劑盒、RNA提取試劑盒等。


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